Le truppe della Wermacht – forti di circa 25 000 uomini – di stanza a Ottana non si resero protagoniste di screzi con la popolazione locale con la quale, al contrario, instaurarono a tratti rapporti di mutua collaborazione: i tedeschi fornivano supporto ai sardi nei trasporti (data la pessima condizione dei collegamenti nell'isola) e ricevevano in cambio beni di prima necessità, spesso formaggi. Dati anche i buoni rapporti tra il generali Basso e Lungerhausen, non ci furono (stranamente) disaccordi nell'organizzazione della difesa dell'isola.

Conseguentemente alla caduta del fascismo e all'armistizio tra Italia e anglo-americani dell'8 settembre 1943 i tedeschi da amici divennero nemici â€“ Il Bando Badoglio ordinava all'esercito italiano di "far fuori" le truppe germaniche in caso di un attacco da parte loro. Lungerhausen contrattò abilmente con Basso lo sgombero pacifico dell'isola e intimò la volontà di attraversare le bocche di Bonifacio per trasferirsi in Corsica. In solo 9 giorni il grosso della 90^ Panzergrenadier division raggiunse il suo scopo.

Il prezzo pagato per la "liberazione" della Sardegna fu minimo –  Le fonti ufficiali enumerano 50 morti italiani e 40 tedeschi, più circa 250 feriti: le regioni del centro-nord e del Sud pagarono un prezzo molto più alto. L'unico scontro degno di nota fu la reazione italiana a al colpo di mano tedesco alla base della Marina della Maddalena. L'episodio incrinò i rapporti tra i due generali e Basso decise di applicare l'ordine 5V, che intimava alle truppe sarde di impedire l'esodo germanico in Corsica, dove tra le altre cose era presente il VII corpo d'armata del generale Magli, comprendente 80 000 uomini e tutt'altro che entusiasta dello sbarco della 90^ Panzergrenadier division a Bonifacio.

In ogni caso, la Sardegna fu liberata senza l'intervento degli alleati e con il concorso dell'esercito – Nel dopoguerra Basso fu accusato di non aver fatto nulla per impedire la fuga tedesca e di aver scaricato gli oneri della lotta sulla VII armata italiana di stanza in Corsica, sui resistenti e sui civili còrsi. Basso spiegò più volte la difficoltà di interpretazione degli ordini del giorno dell'armistizio e di quelli immediatamente successivi e di aver agito con l'intento di proteggere la popolazione sarda, già immensamente provata dal conflitto e dal bombardamento americano che distrusse Cagliari nel febbraio 1943. I tribunali militari diedero ragione al generale e anzi giudicarono le sue scelte vantaggiose per l'economia generale del conflitto mediterraneo. La Sardegna era infatti una base molto più appetibile della Corsica ai fini del controllo di cieli e mari, data la superiorità delle strutture portuali e aeroportuali rispetto all'isola gemella e pertanto una guerra civile resistenziale nell’isola avrebbe potuto ostacolare le manovre anglo-americane nel Mediterraneo e sul continente italiano.